Năm 2026 được đánh giá là giai đoạn có nhiều chính sách ưu đãi thuế thuận lợi cho doanh nghiệp mới thành lập tại Việt Nam. Từ việc miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu, bãi bỏ hoàn toàn lệ phí môn bài đến tiếp tục giảm 2% thuế giá trị gia tăng, hệ thống chính sách đang tạo ra nhiều dư địa để doanh nghiệp khởi nghiệp tối ưu chi phí trong giai đoạn đầu hoạt động.

Bài viết dưới đây phần mềm kế toán MISA SME sẽ tổng hợp đầy đủ các loại thuế, phí được miễn, giảm cho công ty mới thành lập theo quy định, giúp chủ doanh nghiệp và bộ phận kế toán nắm bắt đầy đủ quyền lợi cũng như điều kiện áp dụng.

1. Khung pháp lý điều chỉnh ưu đãi thuế năm 2026

Tính đến thời điểm tháng 4/2026, các chính sách ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp mới thành lập được quy định tập trung tại ba văn bản pháp lý quan trọng:

• Nghị quyết 198/2025/QH15 ngày 17/05/2025 về cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân
• Nghị định 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 hướng dẫn thi hành Nghị quyết 198
• Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15

Các quy định trong ba văn bản này tập trung hỗ trợ nhóm doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo và các hộ kinh doanh chuyển đổi lên mô hình doanh nghiệp. Đây cũng là nhóm đối tượng chiếm phần lớn trong cơ cấu doanh nghiệp thành lập mới hàng năm tại Việt Nam.

2. Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu cho doanh nghiệp nhỏ và vừa

Theo khoản 4 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15, doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Nguyên tắc tính thời gian miễn thuế: Thời hạn miễn thuế được áp dụng liên tục trong 3 năm, không phụ thuộc vào việc doanh nghiệp có phát sinh doanh thu, lợi nhuận hay chưa. Năm đầu tiên được miễn thuế được xác định là năm doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Quy định này tạo điều kiện cho doanh nghiệp trong giai đoạn đầu hoạt động, khi nguồn lực tài chính còn hạn chế và cần tập trung cho phát triển sản phẩm, thị trường.

Tiêu chí xác định doanh nghiệp nhỏ và vừa:

Căn cứ Điều 4 Luật Hỗ trợ Doanh nghiệp nhỏ và vừa 2017 và Điều 5 Nghị định 80/2021/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

• Số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm không quá 200 người
• Đáp ứng một trong hai tiêu chí: tổng nguồn vốn không quá 100 tỷ đồng hoặc tổng doanh thu năm trước liền kề không quá 300 tỷ đồng

Các trường hợp không thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi:

Doanh nghiệp cần lưu ý một số trường hợp bị loại trừ khỏi phạm vi áp dụng chính sách miễn thuế:

• Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc loại hình doanh nghiệp
• Doanh nghiệp mà người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất từng giữ vai trò tương tự tại doanh nghiệp khác đang hoạt động, hoặc đã giải thể chưa đủ 12 tháng tính đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới
• Các khoản thu nhập đặc thù không được áp dụng ưu đãi gồm: thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu công ty đại chúng, chuyển nhượng bất động sản, hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí, tài nguyên khoáng sản và kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng

Do đó, ngay từ giai đoạn đăng ký thành lập, chủ doanh nghiệp cần cân nhắc kỹ về cơ cấu sở hữu, người đại diện theo pháp luật để tránh rơi vào các trường hợp bị loại trừ.

3. Bãi bỏ lệ phí môn bài từ ngày 01/01/2026

Kể từ ngày 01/01/2026, lệ phí môn bài chính thức được bãi bỏ trên phạm vi toàn quốc theo tinh thần của Nghị quyết 198/2025/QH15. Người nộp thuế không phải nộp lệ phí môn bài và cũng không phải thực hiện hồ sơ khai lệ phí môn bài cho năm 2026 và các năm tiếp theo.

Chính sách này được áp dụng thống nhất đối với mọi đối tượng, bao gồm doanh nghiệp, tổ chức, hộ và cá nhân kinh doanh, không phân biệt quy mô hay vốn điều lệ. Đây là một trong những cải cách được cộng đồng doanh nghiệp đánh giá cao, góp phần giảm thủ tục hành chính và chi phí tuân thủ.

Lưu ý về nghĩa vụ của giai đoạn trước:

• Việc bãi bỏ lệ phí môn bài chỉ áp dụng từ năm 2026 trở đi.
• Các khoản lệ phí môn bài phát sinh trong năm 2025 và các năm trước đó, nếu chưa nộp, doanh nghiệp vẫn phải hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.
• Cơ quan thuế tiếp tục rà soát và áp dụng các biện pháp quản lý để thu đúng, thu đủ khoản phí này.

4. Chính sách ưu đãi dành cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo

Doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực khởi nghiệp đổi mới sáng tạo được hưởng mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đặc biệt:

• Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 02 năm đối với thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo
• Giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 04 năm tiếp theo

Đối tượng áp dụng bao gồm doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo và các tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo. Việc xác định thời gian miễn, giảm thuế được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

Bên cạnh đó, nhằm thu hút dòng vốn đầu tư vào hệ sinh thái khởi nghiệp, chính sách còn quy định miễn thuế thu nhập cá nhân và thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn, quyền mua cổ phần, quyền mua phần vốn góp vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo. Quy định này được kỳ vọng sẽ tạo động lực cho các nhà đầu tư thiên thần và quỹ đầu tư mạo hiểm tham gia sâu hơn vào thị trường Việt Nam.

5. Ưu đãi dành cho doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh

Từ ngày 01/10/2025, doanh nghiệp thành lập mới trên cơ sở chuyển đổi từ hộ kinh doanh được hưởng cơ chế ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo lộ trình:

• Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 02 năm liên tục kể từ khi chuyển đổi
• Sau thời gian miễn thuế, doanh nghiệp có doanh thu không quá 03 tỷ đồng/năm được áp dụng mức thuế suất ưu đãi 15%
• Doanh nghiệp có doanh thu từ trên 03 tỷ đến tối đa 50 tỷ đồng/năm được áp dụng mức thuế suất ưu đãi 17%
• Trường hợp doanh thu vượt quá 50 tỷ đồng/năm không thuộc đối tượng được hưởng chính sách miễn thuế nêu trên

So với mức thuế suất phổ thông 20%, mức ưu đãi 15-17% mang lại khoản tiết kiệm đáng kể, đồng thời tạo động lực để các hộ kinh doanh có quy mô phù hợp chuyển đổi lên mô hình doanh nghiệp, góp phần minh bạch hóa hoạt động sản xuất kinh doanh và mở rộng khả năng tiếp cận các nguồn lực tài chính.

6. Tiếp tục giảm 2% thuế giá trị gia tăng đến hết năm 2026

Theo Nghị quyết Kỳ họp thứ 9 của Quốc hội khóa XV, chính sách giảm 2% thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với các nhóm hàng hóa, dịch vụ quy định tại khoản 1 Điều 1 Nghị quyết số 204/2025/QH15 tiếp tục được áp dụng từ ngày 01/07/2025 đến hết ngày 31/12/2026.

Theo đó, mức thuế giá trị gia tăng đối với nhóm hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện được giảm từ 10% xuống 8%. Chính sách này có tác động hai chiều: giảm chi phí đầu vào cho doanh nghiệp khi mua nguyên vật liệu, đồng thời hỗ trợ giá bán đầu ra cạnh tranh hơn trên thị trường. Bộ phận kế toán cần rà soát danh mục hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp để xác định đúng mức thuế suất áp dụng, đảm bảo việc lập hóa đơn và kê khai thuế chính xác.

7. Các hỗ trợ bổ sung dành cho doanh nghiệp siêu nhỏ và hộ kinh doanh

Bên cạnh các ưu đãi về thuế, Nghị định 20/2026/NĐ-CP còn quy định nhiều chính sách hỗ trợ trực tiếp cho nhóm doanh nghiệp siêu nhỏ và hộ kinh doanh:

• Hỗ trợ 100% chi phí các khóa đào tạo về quản trị doanh nghiệp, kế toán, thuế, nhân sự cho hộ, cá nhân kinh doanh và doanh nghiệp siêu nhỏ từ ngân sách nhà nước
• Cung cấp miễn phí các nền tảng số, phần mềm kế toán dùng chung cho nhóm đối tượng này. Phần mềm kế toán được tích hợp sẵn với phần mềm hóa đơn điện tử và chữ ký số, tạo thuận lợi cho công tác kế toán và tuân thủ nghĩa vụ thuế
• Doanh nghiệp được trích tối đa 20% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số, phục vụ cho hoạt động nghiên cứu, phát triển của doanh nghiệp

Những chính sách hỗ trợ này không mang tính ưu đãi thuế trực tiếp nhưng đóng vai trò quan trọng trong việc nâng cao năng lực quản trị và khả năng tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp nhỏ.

Kết luận

Năm 2026 mở ra nhiều cơ hội thuận lợi cho doanh nghiệp mới thành lập tại Việt Nam nhờ hệ thống chính sách ưu đãi thuế đồng bộ và toàn diện. Từ việc miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, bãi bỏ hoàn toàn lệ phí môn bài, tiếp tục giảm 2% thuế giá trị gia tăng đến các ưu đãi riêng cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo và doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh, chủ doanh nghiệp hoàn toàn có thể tối ưu đáng kể nghĩa vụ tài chính trong giai đoạn đầu hoạt động. Tuy nhiên, để tận dụng hiệu quả các chính sách này, công tác kế toán – thuế cần được tổ chức bài bản, chính xác và tuân thủ đúng quy định pháp luật ngay từ những ngày đầu thành lập.

Trong bối cảnh các quy định thuế liên tục được cập nhật và yêu cầu tuân thủ ngày càng chặt chẽ, việc trang bị một phần mềm kế toán chuyên nghiệp là giải pháp thiết thực giúp doanh nghiệp vận hành trơn tru và hạn chế rủi ro. Phần mềm kế toán MISA SME là một trong những lựa chọn được nhiều doanh nghiệp nhỏ và vừa tin dùng hiện nay, với các tính năng nổi bật:

• Đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC và Thông tư 133/2016/TT-BTC, phù hợp với mọi loại hình và quy mô doanh nghiệp nhỏ và vừa.
• Tự động hóa công tác kế toán thuế: hỗ trợ lập tờ khai thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân, giúp kế toán tiết kiệm thời gian và hạn chế sai sót.
• Quản lý toàn diện mọi phần hành kế toán: tiền mặt, ngân hàng, mua hàng, bán hàng, kho, tài sản cố định, công cụ dụng cụ, tiền lương, giá thành, thuế và tổng hợp.
• Hệ thống báo cáo quản trị đa chiều, cung cấp bức tranh tài chính rõ ràng theo thời gian thực, hỗ trợ chủ doanh nghiệp ra quyết định kịp thời và chính xác.

ĐĂNG KÝ DÙNG THỬ MIỄN PHÍ 15 NGÀY phần mềm kế toán MISA SME để tự mình trải nghiệm tại đây