– Trường hợp người nộp thuế đã kê khai vào chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế ([42]) trên tờ khai thuế GTGT khấu trừ, sau đó người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung chuyển số thuế GTGT đã kê khai đề nghị hoàn thuế sang chỉ tiêu thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau ([43]) để khấu trừ tiếp thì:
+ Nếu người nộp thuế chưa làm hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi cơ quan thuế thì trường hợp khai bổ sung này được chấp nhận.
+ Nếu người nộp thuế đã làm hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi cơ quan thuế, cơ quan thuế đã có thông báo chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau nhưng chưa ban hành quyết định kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế phải có văn bản đề nghị cơ quan thuế không tiếp tục giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT nêu trên trước khi thực hiện khai điều chỉnh, bổ sung.
Đối với các trường hợp nêu trên, cơ quan thuế phải kiểm tra tờ khai thuế GTGT để đảm bảo số thuế đề nghị hoàn nay điều chỉnh sang khấu trừ tiếp đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ theo quy định.
– Trường hợp người nộp thuế đã kê khai vào chỉ tiêu [42] và đã lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT cơ quan thuế đã có thông báo chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước hoàn thuế sau và cơ quan thuế đã tiến hành kiểm tra hoặc thanh tra nhưng phát hiện có một phần số thuế đề nghị hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế do chưa có chứng từ thanh toán thì cơ quan thuế phải ra quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế, người nộp thuế mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
+ Đối với các hóa đơn GTGT người nộp thuế đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.
+ Đối với các hóa đơn GTGT người nộp thuế đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì người nộp thuế được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.
– Trường hợp hoàn thuế xuất khẩu, khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, thanh tra nhưng phát hiện có một phần số thuế GTGT đề nghị hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế do chứng từ thanh toán không hợp lệ, phần còn lại có chứng từ thanh toán hợp lệ thì được hoàn thuế nhưng số thuế còn lại không đủ điều kiện để xét hoàn thuế GTGT trường hợp xuất khẩu theo Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11 tháng 01 năm 2012, Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17 tháng 5 năm 2013 hoặc Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính thì số thuế GTGT có chứng từ thanh toán và đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ được điều chỉnh sang khấu trừ tiếp.