Chính sách thuế đối với cơ sở giáo dục công lập: Hướng dẫn từ Công văn 2346/CT-CS

Việc các cơ sở giáo dục công lập (CSGD công lập) tham gia liên kết đào tạo hoặc cung cấp dịch vụ phát sinh doanh thu ngày càng phổ biến, kéo theo nhiều vướng mắc về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế giá trị gia tăng (GTGT). Cục Thuế đã ban hành Công văn số 2346/CT-CS ngày 09/7/2025 nhằm hướng dẫn rõ các trường hợp tính thuế phù hợp với thực tế hoạt động và quy định hiện hành.

1. Chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp đối với CSGD công lập

Theo quy định tại điểm n khoản 3 Điều 5 Thông tư số 78/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn đối với hoạt động kinh doanh dưới hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh như sau:

• Nếu các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ thì doanh thu tính thuế là doanh thu của từng bên được chia theo hợp đồng.
• Nếu các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng sản phẩm thì doanh thu tính thuế là doanh thu của sản phẩm được chia cho từng bên theo hợp đồng.

Trường hợp CSGD công lập có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ:

• Xác định được doanh thu, chi phí, thu nhập  thì kê khai thuế TNDN bình thường theo biểu thuế suất.
• Trường hợp CSGD công lập có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà hỉ xác định được doanh thu, không xác định được chi phí → áp dụng tỷ lệ thuế TNDN 2% trên doanh thu ( theo quy định tại Điều 3 Thông tư số 78/2014/TT-BTC).

2. Chính sách thuế GTGT đối với cơ sở giáo dục công lập

Căn cứ các quy định pháp luật về thuế GTGT đã có quy định cụ thể về đối tượng không chịu thuế, thuế suất 5%, thuế suất 10%. Cục thuế đề nghị CCTKV.I căn cứ quy định pháp luật, nguyên tắc bản chất hoạt động, giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế và hồ sơ thực tế để hướng dẫn thực hiện đúng quy định.

3. Quy định về hóa đơn điện tử và hồ sơ kê khai GTGT

3.1. Về hóa đơn điện tử

• Từ 01/6/2025, CSGD công lập thực hiện theo quy định tại Nghị định số 70/2025/NĐ-CP ngày 20/3/2025 của Chính phủ và Thông tư số 32/2025/TT-BTC ngày 31/5/2025 của Bộ Tài chính.
• Trường hợp vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn thì bị xử phạt theo quy định tại Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 và Nghị định số 102/2021/NĐ-CP ngày 16/11/2021 của Chính phủ.
  

3.2. Về hồ sơ khai thuế GTGT

Căn cứ khoản 1 Điều 42 Luật Quản lý thuế số 38 và căn cứ khoản 3 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP

• Trường hợp các đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo chỉ có 01 hoạt động là dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật về thuế (đối tượng không chịu thuế GTGT) thì không phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT.
• Trường hợp các đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo vừa có hoạt động dạy học, dạy nghể (đối tượng không chịu thuế GTGT); vừa cung cấp hàng hóa, dịch vụ khác ngoài hoạt động dạy học, dạy nghề nêu trên (đối tượng chịu thuế GTGT) thì phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT. Trong đó khoản thu từ hoạt động không chịu thuế GTGT được kê khai vào chỉ tiêu doanh thu không chịu thuế trên Tờ khai thuế GTGT.

Nội dung đầy đủ của công văn như sau: